El programa de la MCE cuenta con dos líneas de generación y aplicación del conocimiento (LGAC) denominadas Política Económica y Economía del Sector Público.

LGAC 1. El campo de política económica asume el propósito de impactar en la capacitación de profesionales con una amplia y profunda visión de los problemas económicos y de sus posibles soluciones, que debería desembocar sobre todo en una formación de calidad que soporte la actividad investigadora y el proseguimiento de los estudios doctorales. Las personas que cursan el programa y opten por esta LGAC podrán analizar los instrumentos de política económica (política monetaria, política fiscal, política del sector externo) que ocupa el gobierno para incidir sobre el comportamiento de un conjunto de indicadores macroeconómicos de coyuntura (crecimiento económico, sector externo, estabilidad de precios, el mercado laboral y las políticas salariales) del país en un contexto de economía abierta.

LGAC 2. La economía del sector público busca especializar profesionales capaces de insertarse en todos los niveles de la administración pública y en el sector social, evaluando la aplicación de programas sociales y entendiendo sus consecuencias a nivel macroeconómico, aclarando los sectores de la población beneficiados y determinando quienes deben corresponder a su financiamiento. El programa provee un conjunto de herramientas teóricas y metodológicas para el análisis de las intervenciones de política pública en torno a fenómenos sociales, económicos y ambientales. Como parte de esta LGAC se provee una diversidad de cursos que van desde el estudio de las finanzas públicas y sus principales instrumentos; el origen, diseño, implementación y evaluación de las políticas públicas; así como estudios de políticas concretas en torno al medio ambiente, salud, educación y el sector energético.