El plan y programa de estudios de la Maestría en Ciencias Económicas es un programa de posgrado profesionalizante el cual comprende un total de 16 unidades de competencia distribuidos en cuatro semestres. En términos generales, la arquitectura de la malla curricular atiende a cuatro ejes de formación: Teoría económica, Instrumental, Especialidad e Investigación. El eje de formación Teoría económica está conformada por unidades de competencia: Macroeconomía, Microeconomía, Historia y pensamiento económico, Macroeconomía avanzada y Microeconomía avanzada. Dentro del eje de formación Instrumental se encuentran las unidades de competencia de Estadística, Matemática para la economía, Econometría, Matemáticas aplicadas, y Ciencia de datos, en el eje de formación de Especialidad cuenta con dos opciones de áreas de especialidad, cada una de ellas configurada por un total de cinco asignaturas optativos de los cuales las personas estudiantes eligen tres opciones a través de las unidades de competencias optativas A, B y C, esto según sea su interés de especialización. 

• Para el área de especialización en Política económica se tienen contempladas las asignaturas de Política económica, Crecimiento económico, Política social: pobreza y desigualdad, Mercado laboral y política salarial, y Política cambiaria y comercial.
• Para el área de especialización en Economía del sector público se integran las siguientes opciones de asignaturas: Finanzas públicas, Federalismo fiscal, Políticas públicas, Economía del medio ambiente, y Economía de la educación.

En el eje formación de Investigación se encuentran las unidades de competencia Diseño de investigación, Metodología de la investigación, y Seminario de investigación.

En los dos primeros semestres, las personas estudiantes del programa cursan cinco unidades de competencia de carácter obligatorio. En el tercer semestre se llevan dos unidades de competencia obligatoria y una unidad optativa que depende del área de la especialización que sea de interés de las y los estudiantes. En cuarto semestre se lleva una unidad de competencia obligatoria y dos unidades de competencia optativas. Como se puede apreciar, el mapa curricular centra su propósito en profundizar las capacidades profesionales en la ciencia económica y al mismo tiempo flexibilidad en torno a las áreas de especialización que son de interés de las personas que cursan el programa. Colateralmente, la Maestría en Ciencias Económicas se considera una serie de actividades académicas, tales como coloquios para la presentación de avances de investigación, participación en congresos, seminarios y estancias de investigación.